Les chercheurs ont découvert un gène mystérieux dans le code génétique du coronavirus SRAS-CoV-2, un segment presque caché dans le génome du virus et toujours négligé.
Le gène récemment identifié – ORF3d – est un exemple de ce qu'on appelle un gène qui se chevauchent: une sorte de «gène dans un gène» qui se cache efficacement dans la chaîne de nucléotides en raison du fait qu'il chevauche les séquences codées d'autres gènes.
«En termes de taille du génome, le SRAS-CoV-2 et ses parents sont parmi les plus longs virus à ARN existants», explique le bioinformatiste Chase Nelson de l'American Museum of Natural History.
“Ainsi, ils sont plus sensibles à la” supercherie génomique “que les autres virus à ARN.”
Les virus sont en fait assez enclins à des gènes qui se chevauchent, ce n'est donc pas vraiment une découverte surprenante. Il reste à voir si ORF3d est bien un canular génomique, mais il est définitivement difficile à voir de toute façon.
Les gènes qui se chevauchent sont difficiles à identifier dans les séquences génétiques, car les systèmes de balayage génomique peuvent souvent les ignorer lors du balayage des lignes de code génétique: ils sont programmés pour sélectionner des gènes individuels, mais ne voient pas nécessairement les instructions globales qui sont communes aux nucléotides des gènes adjacents dans la séquence.
Micrographie électronique de particules de virus SRAS-CoV-2. (NIAID).
Dans le contexte de virus tels que le SRAS-CoV-2, cela peut créer un angle mort grave. Les scientifiques s'efforcent de comprendre le plus possible ce virus dévastateur depuis le début de cette année, et bien que certains aspects de sa structure génétique aient été élucidés (y compris la ferme conviction qu'il n'a pas été “ créé en laboratoire ''), il y a juste beaucoup de choses que nous ne savons pas encore. .
“Les gènes qui se chevauchent peuvent être l'un des arsenaux de la façon dont les coronavirus ont évolué pour se répliquer efficacement, miner l'immunité de l'hôte ou se transmettre.”
Quant à ORF3d, il reste encore beaucoup à apprendre sur pourquoi il existe, se cache dans le génome et chevauche d'autres gènes.
Une chose que nous savons avec certitude à propos du gène mystérieux, basé sur des tests sanguins antérieurs de patients COVID-19, est que ORF3d déclenche une forte réponse anticorps.
«Nous ne connaissons pas encore sa fonction et sa signification clinique», déclare Nelson.
«Mais nous prédisons que ce gène est relativement peu susceptible d'être détecté par une réponse des lymphocytes T par opposition à une réponse anticorps. Et peut-être que cela a quelque chose à voir avec la façon dont le gène a pu apparaître.
Une chose est sûre. Pour un virus qui ne possède qu'une quinzaine de gènes connus, la découverte d'un autre, sans parler d'un gène qui se chevauche, est une avancée significative. À quel point les scientifiques vont maintenant essayer de le découvrir.
Les résultats sont communiqués à eLife.
